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02 diciembre 2014

Nuevo canal de YouTube sobre Sistemática Molecular

Publicado por Nitxin martes, diciembre 02, 2014

El Comité editorial del Manual de Sistemática Molecular y Bioinformática ha abierto un nuevo canal en YouTube, en él encontrarás vídeos sobre diversas técnicas informáticas para manejar los datos de moleculares en sistemática.


 También puedes encontrar el grupo de discusión en Facebook: 

13 septiembre 2012

Operones y ruido bioquímico, ¿respuesta a una vieja pregunta?

Publicado por Anónimo jueves, septiembre 13, 2012

Representación del interior celular de E. coli (fuente: www.sciencephoto.com)
A principios de 1960, los franceses Jacques Monod y Francois Jacob descubrieron que la bacteria entérica Escherichia coli, utilizaba tres genes estructurales especiales para sintetizar las proteínas para descomponer la lactosa, y que estos estos tres genes metabólicos podían ser apagados o encendidos, todos a la vez, desde un sólo punto de control. Monod y Jacob identificaron, por vez primera, una red de regulación genética (y por ello fueron galardonados con el Premio Nobel de Medicina en 1965). El tipo de red que describieron es lo que conocemos como un operón: un grupo de múltiples genes que están controlados como una sola unidad. El operón Lac (por lactosa) fue el primero de muchos que se descubrieron después, pero para finales de los 60's, quedó claro que este tipo de regulación genética no era una norma biológica. Hasta principios de la década de los 1990's, todos los operones descritos pertenecían a procariontes (hasta la fecha, se han identificado muy pocos en organismos multicelulares). ¿Por qué sucede esto? ¿Qué pudo favorecer que los operones se mantuvieran en los procariontes y por qué no están en los eucariontes? Una investigación publicada en Agosto de 2012, parece arrojar evidencias definitivas para responder esta vieja pregunta.

Oleg Lgoshin y Christian Ray, autores de la publicación, son bioingenieros computacionales, que utilizan la informática y las matemáticas para estudiar la señalización celular y otros procesos bioquímicos. Comenzaron a estudiar a los operones a finales de 2009, con el fin de determinar si su evolución pudo haber sido influenciada por la naturaleza “ruidosa” de las señalizaciones bioquímicas que regulan la transcripción genética bacteriana.

16 abril 2012



Los investigadores del grupo de investigación de Genética Molecular Humana del IDIBELL, liderado por Virginia Nunes tenía algunos problemas para dotar de significación los resultados de los análisis estadísticos de los datos de expresión de genes.

La mayoría de los cálculos estadísticos que se hacen para comparar datos de expresión de genes presuponen una distribución noma de estos datos y esta distribución no siempre es real.La aplicación que hará posible el análisis estádistico en línea de estos datos (de expresión de genes) ha sido llamada BootstRatio, esta fue creada y desarrollada por investigadores del Instituto de Investigación Biomédica de Bellvitge (IDIBELL). Se puede acceder a BootstRatio a través de http://regstattools.net/br





20 diciembre 2010

Un concurso en California busca impulsar un software que pueda analizar datos genéticos.

Publicado por Biol. Varenka Martínez lunes, diciembre 20, 2010
Foto: Kyu Oh Tomada de:www.nature.com

Un programa de computadora que predice los efectos de mutaciones genéticas, le ha otorgado a su autor: un doctorado, un montón de publicaciones en revistas, y ahora un juguete de cuerda llamada Molly.

Yana Bromberg, un bioinformático de la Universidad Rutgers en New Brunswick, Nueva Jersey, ganó el juguete de su programa, SNAP, en un concurso experimental que culminó el 10 de diciembre en Berkeley, California. El concurso, llamado Evaluación Crítica de la Interpretación del Genoma (CAGI), pide a los investigadores predecir los efectos biológicos de diferentes mutaciones, y compara sus resultados con datos experimentales no publicados.

El concurso fue concebido por Steven Brenner, investigador del genoma especialista en cómputo de la Universidad de California, y John Muda, un biólogo computacional de la Universidad de Maryland en Rockville. Su objetivo es acelerar el desarrollo de software que rápidamente permitan la interpretación de grandes cantidades de datos genéticos.

CAGI funciona estableciendo retos científicos para determinar el efecto biológico de las mutaciones en determinados genes y las proteínas que codifican. Por ejemplo, uno de los retos previstos fue encontrar diferentes variaciones en el gen CHEK2 asociado al cáncer que habían sido descubiertas en un estudio con pacientes con cáncer y personas sanas, pero aún no publicados. A los participantes de CAGI se les pidió que determinarán si las mutaciones dadas pertenecía a un paciente o un control.

A pesar de ser organizado a toda prisa, CAGI atrajo a más de 100 entradas. El equipo todavía está analizando las entradas, con la esperanza de revelar los resultados oficiales en una publicación. El concurso planea ser llevado a cabo nuevamente dentro de dos años.

Si quieres conocer más sobre este tema sigue estas ligas:
Mutation-prediction software rewarded
CAGI
dancing wind-up toy

05 noviembre 2010

Práctica sobre elaboración de árboles filogenéticos.

Publicado por Nitxin viernes, noviembre 05, 2010
Andrés Pinzón, actualmente dirige el Grupo de Investigación en Bioinformática y Biología de Sistemas (GIBBS), del Instituto de Genética, Universidad Nacional de Colombia. Es candidato a doctor en Ciencias Biológicas de la Universidad de Los Andes, donde ha desarrollado su trabajo de grado en el Modelado computacional de interacciones planta patógeno, el cual se encuentra enmarcado en el área de biología de sistemas. Cuenta con una amplia experiencia en la programación de software para bioinformática, desarrollando varias aplicaciones para el análisis de secuencias de DNA y proteínas y el mapeo de rutas metabólicas. Se ha desempeñado como docente de los cursos de posgrado de introducción a la bioinformática, del instituto de biotecnología de la Universidad Nacional de Colombia y de los módulos de programación en PERL del mismo curso en el departamento de Ciencias Biológicas de la Universidad de los Andes. Durante los años 2006 y 2007 fue también docente de los módulos de bioinformática para la maestria en neurociencias del Instituto de Genética de la UN y de la Red de Genética de la Conservación, en Caracas, Venezuela y Santiago de Chile. Su área de investigación se encuentra centrada en: Aplicación de métodos computacionales en Biología de sistemas para el estudio de interacciones patógeno-hospedero, Desarrollo de herramientas bioinformáticas para el estudio de redes de metabolismo e interacción. Andrés Pinzón nos ha permitido subir su práctica sobre Creación de árboles filogenéticos.

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